意见强调，坚决查处违纪违法案件。坚持有案必查、有腐必惩。严格审查和处置党员干部违反党纪政纪、涉嫌违法的行为。严肃查办领导干部违反政治纪律、组织纪律案件，以及贪污贿赂、权钱交易、腐化堕落、失职渎职等案件，严肃查处滥用权力违反程序选拔任用干部、干预职称评定、违规招生等问题，严肃查处利用职务插手教材教辅选用、基建后勤、校办企业、招标采购等领域的问题。重点查处不收敛不收手、问题线索反映集中、群众反映强烈、现在重要岗位且可能还要提拔使用的党员干部。坚决纠正损害群众利益的不正之风，着力解决教育领域存在的突出问题。
在完善查信办案工作机制方面，意见提到，加大高等学校信访案件工作协调和督查督办力度，进一步推动实施部地、教检合作查办案件机制，完善举报线索评估、案件线索信息沟通、案件查办协同、案件处理协调、办案工作交流、办案成果共享机制，指导和推进高等学校查信办案工作。高等学校要建立健全问题线索主动发现和及时查处机制，通过信访举报、日常检查、专项治理、内部审计等方式及时发现问题线索。严格规范举报线索管理和审查，落实问题线索“集中管理、集体排查、分层督办”制度。严格落实重要信访举报及案件情况向上级纪委报告制度，规范办案程序，严明办案纪律，提高办案质量。推行重大案件“一案五报告”制度，形成调查报告、剖析报告、监察建议报告、被调查对象检查报告和查办工作总结报告。实施“一案双查”制度，对发生重大腐败案件和不正之风长期滋生蔓延的高等学校，既要追究当事人责任，又要追究相关领导责任。
意见明确，坚持对党的事业、对高校发展、对干部成长高度负责的态度，对党员干部身上的问题要早发现、早提醒、早教育、早纠正，防止小问题变成大问题。对反映的问题线索，及时采取约谈、函询等方式向本人和组织核实，给被举报人说明情况和问题的机会，加强诫勉谈话工作。对于涉及面广、群众反映强烈、社会关注度高的突出问题，列入党委行政督查督办和专项整改范围。建立重大案件剖析制度，加强案件通报，利用典型案件进行警示教育，通过深入剖析，举一反三查找管理上的薄弱环节，堵塞漏洞，推进建章立制。
意见要求，规范干部的选拔任用。坚持党管干部原则，严格执行《党政领导干部选拔任用工作条例》，选好用好干部。严格干部任用标准和程序，完善民主推荐制度，改进任职考察工作，强化廉政审查把关，对拟提拔干部进行公示。严格执行干部选拔任用重要事项请示报告制度，认真落实干部选拔任用“一报告两评议”制度。整治选人用人上的不正之风，对跑官要官、托人说情的，一律不列为考察对象，并视情节严肃处理；对无正当理由反复找组织要求解决职务职级、甚至闹情绪的，严肃批评教育；对顶风违纪的，发现一起，查处一起。加强“三超两乱”的整治工作，存在问题的高校要限时拿出整改方案，尽快化解问题，整改工作完成前应暂停干部调整配备。开展干部档案排查清理工作，重点审核干部“三龄二历一身份”(年龄、工龄、党龄、学历、经历和身份)，对发现的问题逐个核实、逐项纠正。做好整治“裸官”相关工作，按照《配偶已移居国(境)外的国家工作人员任职岗位管理办法》，对相关人员实行职位限入或组织调整。
在治理违规招生问题上，意见明确，深化考试招生制度改革，不断完善、严格执行招生政策规定，建立健全促进公平、科学选才、监督有力的招生体制机制。健全招生录取重大事项集体决策机制，招生章程和招生简章合法性、廉洁性、规范性审核制度。加强考试安全责任落实机制建设，有效防范和查处试题泄露和考试舞弊。不断扩大招生信息公开范围，完善保送生、高水平运动员等特殊类型招生资格和录取名单的公示和监督制度。加强招生计划管理，严格执行招生计划，规范计划调整程序。清理高考录取加分政策，加强考生加分资格审核和公示。完善和规范自主招生。严明招生纪律，严禁和着力整治各种突破招生计划录取、突破公示优惠分值录取、降低标准录取、录取时变更专业等违规行为。严格执行《普通高等学校招生违规行为处理暂行办法》，严惩各种暗箱操作、弄虚作假、以权谋私、权钱交易等违规行为。
意见称，要强化教育经费监管。严格执行高等学校财经制度，健全经济责任制。推进高校内部控制规范建设，实现经济活动决策、执行、监督重要岗位有效分离，建立经济活动风险评估机制，实施高校财务管理状况年度评价制度，建设高校财务管理信息系统。实施无现金结算模式，推行公务卡，强化预算执行，加强结转结余资金管理。认真落实《国务院关于改进加强中央财政科研项目和资金管理的若干意见》，加强科研经费预算管理，完善经费外拨制度，结合科研人员实际贡献安排绩效支出，推进科研信息系统建设，完善科研考核评价办法，建立健全科研经费管理责任制。加强科研信用管理，建立约谈警示机制。强化内部审计监督，特别是对重大项目、重要资金的审计监督，及时发现问题，排除隐患。严厉惩处套取、截留、贪污、挪用、滞拨资金等行为。
意见要求，加强学校资产和校办企业监管。加强高等学校国有资产管理，理顺资产管理关系，严防借改革之机侵吞国有资产、牟取私利。加强投资管理，认真履行学校作为直接出资人的管理职责，依法对投资效益进行考评。加强校办企业管理，加快建立现代企业制度，加强市场主体建设，禁止院(系)、教师违规利用学校资源兴办企业，杜绝“一手办学、一手经商”现象。加强对附属医院、附属学校等高等学校直属单位管理，理清权属关系，创新体制机制，消除腐败隐患。建立教育部直属高校国有资产考评指标体系，发布年度资产发展报告，切实加强国有资产、对外投资专项审计。对因管理不善、监管不力、失职渎职造成学校重大经济损失的，严肃追究相关人员责任。
意见指出，严格规范采购行为。严格执行政府采购规定，积极推动政府采购管理从程序导向型向结果导向型改革。健全学校采购管理体制，实行采管分离。完善学校采购监管制度，重点加强对学校自行组织的采购活动的管理和监督。强化对附属医院大型医疗器械耗材和药品采购等环节的有效管控。完善采购内控机制，对采购预算、采购程序和采购结果等实施动态监管，科学构建评标专家库。严禁在采购活动中违规收受回扣、手续费，严厉查处商业贿赂案件。
意见同时强调，加强基建项目监管。严格遵守国家基本建设法律法规，全面落实《教育部直属高校基本建设管理办法》《严禁教育系统领导干部违反规定插手干预基本建设工程项目管理的若干规定》。完善学校内部基建管理制度，推进基本建设信息化系统建设。厉行勤俭办学，加强基建项目建设成本控制，推行基建项目全过程跟踪审计制度。加强对学校建设项目参建方的管理。推动基本建设办事制度、审批权限、操作流程、审批结果、投资安排、招标投标等信息公开，接受校内外监督。查找基建各个环节廉政风险点，制定风险清单，建立健全基本建设管理和监督的风险防控体系。
意见指出，加强评审评比评估监管。强化评审、评比、评估过程的监督，建立相应结果公示复议制度。严禁教师利用职务之便或学术资源、评价权力，要求、默许学生及家长支付应由学校、教师等承担的任何费用。严禁教师在参与论文课题评审、职务(职称)评聘、院士评选等各类评审评比评估过程中，接受利益相关人的礼品、礼金、支付凭证、有价证券或高消费娱乐活动，发生人情请托、寻租等违规违纪行为。推进管理信息化平台建设和管理信息公开，提高教师、学生管理工作的客观性、公正性。